Thuiswinkel.org heeft wel bekendgemaakt hoeveel leden er van de lijst zijn geschrapt, maar niet om welke leden het precies gaan. De betreffende webwinkels zijn van de site van de organisatie geschrapt en mogen zelf ook het Thuiswinkel-logo, een keurmerk voor online winkelen, niet meer voeren. De organisatie heeft na het schrappen van de 36 leden nog een bestand van 1462 webshops over.
De brancheorganisatie laat sinds 2009 door een organisatie van juristen alle leden doorlichten. Daarbij wordt onder meer gekeken of de verkoopvoorwaarden voldoen aan de wetgeving. De certificering gebeurt door de onafhankelijke Stichting Certificering Thuiswinkel Waarborg, die op zijn beurt het Amsterdamse ICTRecht inschakeld om de leden jaarlijks te controleren. Daarbij worden onder meer de door de Consumentenbond opgestelde spelregels als basis genomen.
